Подготовлено на базе материалов БСС «Система Главбух» 
Как учесть при налогообложении расходы на наем жилья во время командировки	
С.В. Разгулин
заместитель директора департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России	
Из налоговой базы по НДФЛ компенсацию расходов по найму жилья во время командировки исключите в сумме фактических и документально подтвержденных затрат. При этом в состав расходов по найму жилья могут включаться как затраты на оплату гостиничных услуг, так и компенсация командированному сотруднику оплаты арендованной квартиры (в т. ч. и суммы возмещения коммунальных платежей в жилых помещениях, арендованных на период командировки).
Если же такие расходы документально не подтверждены, компенсацию не облагайте НДФЛ в пределах:
•	700 руб. за день нахождения в командировке в России;
•	2500 руб. за день нахождения в загранкомандировке.
С компенсации, выплаченной сверх установленных норм (700 руб. и (или) 2500 руб.), удержите НДФЛ.
Такой порядок следует из абзаца 10 пункта 3 статьи 217, статьи 210 Налогового кодекса РФ и подтвержден в письмах Минфина России от 5 декабря 2011 г. № 03-03-06/1/802, от 28 апреля 2010 г. № 03-03-06/4/51.
Ситуация:  нужно ли удержать НДФЛ из доходов сотрудника, если во время командировки он проживал в арендованной квартире
Ответ на этот вопрос зависит от того, кто расплачивается за наем жилья – учреждение или сотрудник (на кого оформлены подтверждающие документы).
Если учреждение самостоятельно расплачивается с владельцем квартиры, у командированного сотрудника расходов на наем жилья не возникнет. Поэтому компенсация ему не положена. Материальная выгода как объект обложения НДФЛ также не возникает (ст. 212 НК РФ). В то же время учреждение как налоговый агент обязано удержать и перечислить в бюджет сумму НДФЛ из доходов, выплаченных владельцу квартиры (если он не является предпринимателем) (ст. 226 НК РФ). Подробнее об этом см. С каких выплат удерживать НДФЛ.
Аналогичная точка зрения отражена в письме МНС России от 28 мая 2002 г. № 04-1-06/561-У452.
Иногда командированному сотруднику самому приходится договариваться о найме частного жилья. В такой ситуации учреждение компенсирует ему эти расходы. Об удержании НДФЛ с суммы такой компенсации см. Как учесть при налогообложении расходы на наем жилья во время командировки.
Компенсацию расходов на наем жилья в сумме фактических и документально подтвержденных затрат не облагайте взносами на обязательное пенсионное (социальное, медицинское) страхование и взносами на страхование от несчастных случаев и профзаболеваний (ч. 2 ст. 9 Закона от 24 июля 2009 г. № 212-ФЗ, п. 2 ст. 20.2 Закона от 24 июля 1998 г. № 125-ФЗ).
Ситуация:  нужно ли начислить взносы на обязательное пенсионное (социальное, медицинское) страхование, а также взносы на страхование от несчастных случаев и профзаболеваний на сумму компенсации расходов по найму жилья во время командировки. Расходы на наем жилья не подтверждены документально
Однозначного ответа на этот вопрос законодательство не содержит. Официальные разъяснения контролирующих ведомств по этому поводу неоднозначны.
Компенсация документально не подтвержденных расходов на наем жилья во время командировок освобождается от обложения страховыми взносами в пределах норм, установленных законодательством (ч. 2 ст. 9 Закона от 24 июля 2009 г. № 212-ФЗ, п. 2 ст. 20.2 Закона от 24 июля 1998 г. № 125-ФЗ).
В письме от 11 ноября 2010 г. № 3416-19 Минздравсоцразвития России указал на то, что в настоящее время нормы расходов по найму жилого помещения, при непредоставлении документов, утверждены только для организаций, финансируемых из федерального бюджета, а именно:
•	для федеральных гражданских служащих Указом Президента РФ от 18 июля 2005 г. № 813;
•	для учреждений, финансируемых из федерального бюджета, постановлением Правительства РФ от 2 октября 2002 г. № 729.
Кроме того, для учреждений, финансируемых из бюджета субъекта РФ (местного бюджета) такие нормы утверждены нормативно-правовыми актами принятыми на уровне субъекта РФ (муниципального образования) (см., например, постановление Правительства Кировской области от 22 ноября 2010 г. № 78/568).
В отношении сотрудников иных организаций (в т.ч. бюджетных учреждений нового типа и автономных учреждений) такие нормы законодательством не предусмотрены. Поэтому компенсация документально не подтвержденных расходов по найму жилого помещения облагается страховыми взносами.
В то же время в письме от 26 мая 2010 г. № 1343-19 Минздравсоцразвития России придерживался другой точки зрения. Из положений части 2 статьи 9 Закона от 24 июля 2009 г. № 212-ФЗ, пункта 2 статьи 20.2 Закона от 24 июля 1998 г. № 125-ФЗ следует, что под указанными нормами следует понимать нормы, установленные в соответствии с законодательством России.
Обязанность возместить сотруднику расходы по найму жилого помещения во время командировки установлена статьей 168 Трудового кодекса РФ. Согласно положениям данной статьи порядок и размеры возмещения расходов определяются коллективным договором или локальным нормативным актом (например, приказом о командировках). Следовательно, если сотрудник документально не подтвердил расходы на наем жилья, то такие расходы освобождаются от обложения страховыми взносами в пределах норм, установленных этими документами.
В сложившейся ситуации решение по вопросу начисления страховых взносов на сумму компенсации документально не подтвержденных расходов по найму жилого помещения, учреждение должно принять самостоятельно. При этом в связи с выходом более поздних разъяснений Минздравсоцразвития России могут возникнуть споры с проверяющими. Арбитражной практики по рассматриваемому вопросу пока не сложилось.
Пример отражения в бухучете и при налогообложении расходов на наем жилья во время командировки. Расходы оплачены за счет бюджетных средств и документально не подтверждены
Экономист федерального казенного учреждения «Альфа» А.С. Кондратьев вернулся из командировки, в которой находился 3 дня (с 18 по 20 января).
Документов, подтверждающих расходы по найму жилья, Кондратьев не представил.
Постановлением Правительства РФ от 2 октября 2002 г. № 729 установлены нормы расходов по найму жилья во время командировок при отсутствии первичных документов. При командировках по России норма составляет 12 руб. в день.
Тариф взносов на страхование от несчастных случаев и профзаболеваний – 0,2 процента.
21 января руководитель учреждения утвердил представленный Кондратьевым авансовый отчет.
В учете учреждения сделана запись:
Дебет КРБ.1.401.20.226 Кредит КРБ.1.208.26.660
– 36 руб. (12 руб./дн. × 3 дн.) – списаны расходы на проживание, не подтвержденные документами.
Поскольку расходы по найму жилья компенсированы в пределах норм, установленных законодательством, данные суммы не учитываются при расчете:
•	НДФЛ;
•	взносов на обязательное пенсионное (социальное, медицинское) страхование;
•	взносов на страхование от несчастных случаев и профзаболеваний.
Порядок расчета других налогов зависит от того, какой налоговый режим применяет учреждение.
Учреждение применяет общую систему налогообложения
При расчете налога на прибыль учтите только документально подтвержденные расходы на наем жилья (произведенные и оплаченные в рамках деятельности, приносящей доход) (п. 1 ст. 252, подп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ). Расходы, не подтвержденные первичными документами, к налоговому учету не принимайте (п. 49 ст. 270 НК РФ). Аналогичные разъяснения приведены в письме Минфина России от 28 апреля 2010 г. № 03-03-06/4/51.
При использовании метода начисления командировочные расходы признайте в составе прочих расходов на дату утверждения авансового отчета (подп. 5 п. 7 ст. 272 НК РФ). При использовании кассового метода для признания затрат необходимо подтвердить факт их оплаты (п. 3 ст. 273 НК РФ). Например, если сотрудник обоснованно потратил на проживание больше денег, чем ему было выдано под отчет, командировочные расходы спишите в момент выплаты компенсации (после утверждения авансового отчета). О том, как учесть при расчете налога на прибыль расходы на наем жилья в командировке, связанной с приобретением основного средства, подробнее см. Как определить первоначальную стоимость основного средства в налоговом учете.
Помимо затрат на наем жилья, при налогообложении прибыли можно учесть стоимость дополнительных услуг, оказанных в гостинице. Исключение составляют расходы, связанные с:
•	обслуживанием сотрудника в барах и ресторанах;
•	дополнительным обслуживанием в номере;
•	пользованием рекреационно-оздоровительными объектами.
Если стоимость таких услуг выделена в счете, учреждение не вправе включить ее в расчет налоговой базы. Если стоимость дополнительных услуг отдельно не указана, включите ее в состав расходов по найму жилого помещения. Такой вывод следует из положений подпункта 12 пункта 1 статьи 264 Налогового кодекса РФ.
Ситуация:  как учесть при расчете налога на прибыль плату за аренду квартир для проживания командированных сотрудников. Расходы по аренде произведены в рамках деятельности, приносящей доход
Если учреждение арендует частное жилье на постоянной основе, с его владельцем можно заключить долгосрочный договор аренды. Размер арендной платы в договоре можно указать за любой период. Однако при налогообложении прибыли всю сумму расходов учесть не удастся. Арендную плату за тот период, когда арендованное жилье пустовало, в расходы включить нельзя. Объясняется это тем, что арендная плата за период, когда учреждение не использует квартиру, признается экономически необоснованной (п. 1 ст. 252 НК РФ).
Обосновать расходы можно лишь за те дни, когда в арендованной квартире проживает командированный сотрудник (подп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ). Для этого учреждение вправе использовать документы, косвенно подтверждающие факт проживания (например, командировочное удостоверение, проездные документы, приказ о командировке и т. д.) (абз. 4 п. 1 ст. 252 НК РФ). Подробнее о документальном подтверждении расходов на наем жилья см. Как возместить расходы на наем жилья во время командировки.
Аналогичный вывод содержится в письмах Минфина России от 25 марта 2010 г. № 03-03-06/1/178, от 20 июня 2006 г. № 03-03-04/1/533, от 25 января 2006 г. № 03-03-04/1/58.
Также в составе расходов по найму жилого помещения можно дополнительно учесть расходы на оплату коммунальных услуг за период командировки (подп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ). Но только при условии, что они экономически обоснованны и документально подтверждены (например, если договором аренды предусмотрено, что помимо арендной платы оплачиваются коммунальные услуги). Аналогичная точка зрения отражена в письме Минфина России от 5 декабря 2011 г. № 03-03-06/1/802.
«Главбух» советует
Есть аргументы, позволяющие учреждению учесть при расчете налога на прибыль расходы по аренде квартиры в другом городе в полной сумме вне зависимости от фактического проживания в ней командированных сотрудников. Они заключаются в следующем.
Расходы по аренде квартиры независимо от факта пребывания в ней сотрудника можно признать экономически обоснованными (п. 1 ст. 252 НК РФ). Во-первых, в другом городе за один и тот же период времени средняя стоимость аренды квартиры может быть меньше, чем средняя стоимость гостиничного номера. Во-вторых, расходы можно учесть как платежи за арендуемое имущество по подпункту 10 пункта 1 статьи 264 Налогового кодекса РФ, а не как расходы на командировки.
Любое арендованное имущество может использоваться не каждый день. Но это не означает, что арендные платежи можно признавать экономически оправданными только в части, которая относится на дни использования (см., например, постановление ФАС Московского округа от 11 февраля 2009 г. № КА-А40/325-09). Ведь никто, в том числе и контролирующие ведомства, не сомневается, что, например, плату за аренду офиса можно включить в расходы полностью, а не в части, приходящейся на рабочие дни. То же относится и к расходам по аренде помещения до начала его фактической эксплуатации.
Вместе с тем, если учреждение примет решение учитывать расходы на арендованные для командированных сотрудников квартиры без учета их фактического использования, такую точку зрения ему, вероятнее всего, придется отстаивать в суде.
Пример отражения в бухучете и при налогообложении платы за аренду частной квартиры для проживания командированных сотрудников. Учреждение применяет общую систему налогообложения
Бюджетное учреждение «Альфа», расположенное в г. Москве, имеет филиал в г. Владимире. Для координации работ по внедрению новых технологий сотрудники «Альфы» систематически приезжают в филиал в командировки. Для их проживания учреждение арендует во Владимире частную квартиру. По договору с ее собственником арендная плата составляет 7000 руб. в месяц. Ежемесячно стороны сделки подписывают акт об оказании услуг по аренде. Внедрение новых технологий проводится в рамках деятельности, приносящей доход. Арендная плата за квартиру перечислена также за счет средств от этой деятельности.
Владелец квартиры не является предпринимателем. Поэтому при перечислении арендной платы «Альфа» удерживает из нее НДФЛ по ставке 13 процентов. Детей у владельца квартиры нет, поэтому стандартные налоговые вычеты по НДФЛ ему не предоставляются.
В марте в арендованной квартире проживали направленные в командировку:
•	экономист учреждения А.С. Кондратьев (7 дней);
•	директор А.В. Львов (10 дней).
В учете «Альфы» сделаны проводки:
Дебет 2.109.80.224 Кредит 2.302.24.730
– 7000 руб. – учтена плата за аренду квартиры для проживания командированных сотрудников;
Дебет 2.302.24.830 Кредит 2.303.01.730
– 910 руб. – удержан НДФЛ с арендной платы;
Дебет 2.302.24.830 Кредит 2.201.11.610
– 6090 руб. (7000 руб. – 910 руб.) – перечислена арендная плата;
Кредит 18 (код КОСГУ)
– 6090 руб. – отражено выбытие средств со счета учреждения.
При расчете налога на прибыль за I квартал бухгалтер «Альфы» включил в расходы арендную плату за фактические дни проживания. Сумма расходов составляет:
7000 руб. : 31 дн. × (7 дн. + 10 дн.) = 3839 руб.
Ситуация:  как учесть при расчете налога на прибыль расходы по найму жилья, если во время командировки сотрудник жил у родственников. Сотрудник занят в деятельности, приносящей доход, расходы по найму жилья оплачены за счет средств от этой деятельности
Если во время командировки сотрудник жил у родственников и с него брали плату за жилье, учреждение может учесть эти расходы (подп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ). Однако данные расходы уменьшают налогооблагаемую базу, только если сумма затрат подтверждена первичным документом (п. 1 ст. 252 НК РФ). Таким документом, в частности, может быть акт, составленный в произвольной форме (см., например, постановление ФАС Северо-Западного округа от 26 февраля 2008 г. № А26-1621/2007). В нем должны быть все обязательные реквизиты, предусмотренные пунктом 7 Инструкции к Единому плану счетов № 157н. Подробнее о документальном подтверждении расходов на наем жилья у частных лиц см. Как возместить расходы на наем жилья во время командировки.
Если расходы по найму жилья уменьшат налогооблагаемую прибыль, «входной» НДС по ним примите к вычету из бюджета (п. 7 ст. 171 НК РФ).
Ситуация:  какими документами подтвердить право на вычет НДС по расходам, связанным с проживанием сотрудника во время командировки
Право на вычет НДС по расходам на проживание сотрудника во время командировки может быть подтверждено:
•	бланком строгой отчетности (бланк должен быть составлен в соответствии с требованиями Положения, утвержденного постановлением Правительства РФ от 6 мая 2008 г. № 359);
•	счетом-фактурой, к которому приложен документ об оплате услуг (например, кассовый чек).
Такой вывод позволяют сделать положения пункта 7 статьи 171 и пункта 1 статьи 172 Налогового кодекса РФ, а также пункт 18 раздела II приложения 4 к постановлению Правительства РФ от 26 декабря 2011 г. № 1137.
Сумма налога в этих документах должна быть выделена отдельной строкой. А счет-фактура выставлен на имя учреждения, которое направило сотрудника в командировку (для этого необходимо предъявить доверенность).
Аналогичной точки зрения придерживается Минфин России в письмах от 23 декабря 2009 г. № 03-07-11/323, от 7 августа 2009 г. № 03-01-15/8-400, от 21 декабря 2007 г. № 03-07-11/638 и от 24 апреля 2007 г. № 03-07-11/126.
«Главбух» советует
Есть аргументы, позволяющие учреждению принять к вычету НДС даже при отсутствии счета-фактуры или бланков строгой отчетности. Они заключаются в следующем.
Арбитражные суды признают правомерность налогового вычета по НДС на основании иных документов (помимо счетов-фактур и бланков строгой отчетности), подтверждающих расходы на проживание. Главное, чтобы из документов, представленных сотрудником, было видно, что сумма налога включена в стоимость услуг и уплачена (п. 7 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ).
Например, основанием для вычета НДС может послужить:
•	бланк строгой отчетности с невыделенной суммой НДС (см., например, постановление ФАС Уральского округа от 13 января 2005 г. № Ф09-5754/04АК);
•	иной документ (например, счет на оплату гостиничных услуг по неустановленной форме) как с выделением, так и без выделения в нем суммы НДС отдельной строкой (см., например, постановления ФАС Московского округа от 26 июля 2011 г. № КА-А40/6657-11, Поволжского округа от 7 февраля 2008 г. № А57-597/07, Центрального округа от 25 мая 2007 г. № А48-2510/06-8, от 21 июня 2004 г. № А62-1547/03, Восточно-Сибирского округа от 20 ноября 2007 г. № А33-9940/06-Ф02-8607/07, Западно-Сибирского округа от 7 февраля 2006 г. № Ф04-133/2006(19416-А45-27)).
Но если учреждение не намерено судиться, воспользуйтесь безналичной формой расчетов с гостиницей. В этом случае гостиница обязана выдать учреждению счет-фактуру на оказанные услуги (п. 3 ст. 168 НК РФ). Тогда никаких проблем с возмещением НДС быть не должно (п. 1 ст. 172 НК РФ).
Пример отражения в бухучете и при налогообложении расходов на наем жилья во время командировки. В счете гостиницы выделена сумма НДС. Учреждение применяет общую систему налогообложения
Директор бюджетного учреждения «Альфа» А.В. Львов вернулся из командировки. Срок поездки составил 4 дня (с 4 по 7 февраля). 8 февраля был утвержден авансовый отчет. Командировка связана с деятельностью, приносящей доход (облагаемой НДС), расходы на наем жилья оплачены также за счет средств от этой деятельности.
Вместе с авансовым отчетом Львов передал в бухгалтерию документы, которые подтверждают его расходы. В их состав входит счет гостиницы (бланк строгой отчетности) на сумму 5310 руб. В счете указано, что в стоимость услуг включен НДС по ставке 18 процентов на сумму 810 руб.
Бухгалтер «Альфы» сделал в учете следующие проводки:
Дебет 2.109.80.226 Кредит 2.208.26.660
– 4500 руб. (5310 руб. – 810 руб.) – списаны расходы на проживание Львова в гостинице;
Дебет 2.210.01.560 Кредит 2.208.26.660
– 810 руб. – выделен НДС со стоимости услуг по проживанию в гостинице;
Дебет 2.303.04.830 Кредит 2.210.01.660
– 810 руб. – принят к вычету НДС на основании счета гостиницы.
При расчете налога на прибыль за I квартал бухгалтер «Альфы» включил в состав расходов 4500 руб.
О возможности включения в расчет налогооблагаемой прибыли суммы НДС (его аналога), уплаченной иностранным контрагентам по законодательству других государств, см. Как учесть при расчете налога на прибыль прочие расходы, связанные с производством и реализацией.
Учреждение платит ЕНВД
Объектом обложения ЕНВД является вмененный доход (п. 1 ст. 346.29 НК РФ). Поэтому на расчет налоговой базы расходы, связанные с наймом жилья во время командировок, не влияют.
Учреждение применяет общую систему налогообложения и платит ЕНВД
Если расходы на наем жилья понес сотрудник, который одновременно занят в деятельности учреждения, облагаемой ЕНВД, и в деятельности учреждения на общей системе налогообложения, то сумму расходов нужно распределить (п. 9 ст. 274, п. 7 ст. 346.26 НК РФ). Подробнее о том, как распределить расходы, относящиеся к разным налоговым режимам, см. Как учесть при расчете налога на прибыль расходы, если организация совмещает общую систему налогообложения и ЕНВД.
Расходы по найму жилья, которые оплачены сотрудником, занятым в одном виде деятельности, распределять не нужно.
Сумму НДС, выделенную в счете (счете-фактуре) гостиницы, распределите по методике, установленной в пункте 4 статьи 170 Налогового кодекса РФ. Подробнее об этом см. Как принять к вычету «входной» НДС по имуществу (работам, услугам), которое будет использоваться как в облагаемых, так и в необлагаемых операциях.
Пример распределения расходов по найму жилья командированного сотрудника. Учреждение применяет общую систему налогообложения и платит ЕНВД
Бюджетное учреждение «Альфа» имеет в своей структуре производственную мастерскую. В рамках приносящей доход деятельности мастерская занимается пошивом и реализацией одежды, которую учреждение реализует оптом и в розницу.
По оптовым операциям учреждение применяет общую систему налогообложения. В городе, где работает «Альфа», розничная торговля переведена на ЕНВД.
В учетной политике учреждения сказано, что общехозяйственные расходы распределяются пропорционально доходам за каждый месяц отчетного (налогового) периода.
В феврале директор учреждения А.В. Львов находился в служебной командировке (проводимой в рамках деятельности, приносящей доход). Цель командировки – заключение договора поставки товаров, предназначенных для продажи оптом и в розницу.
Авансовый отчет был утвержден 16 февраля.
Вместе с авансовым отчетом Львов передал в бухгалтерию все документы, которые подтверждают его расходы. В их состав входит счет гостиницы на сумму 8850 руб. В счете выделена сумма НДС по ставке 18 процентов – 1350 руб.
За февраль доходы учреждения составили 24 500 000 руб. (без учета НДС):
•	по оптовой торговле – 18 000 000 руб.;
•	по розничной торговле – 6 500 000 руб.
Других доходов у учреждения не было.
Чтобы распределить расходы и НДС между двумя видами деятельности, бухгалтер «Альфы» сопоставил доходы по оптовой торговле за февраль с общим объемом доходов за феврале.
Доля доходов от оптовой торговли в общем объеме доходов за февраль составляет:
18 000 000 руб. : (18 000 000 руб. + 6 500 000 руб.) = 0,735.
При расчете налога на прибыль за I квартал бухгалтер «Альфы» учел расходы на наем жилья в сумме:
(8850 руб. – 1350 руб.) × 0,735 = 5513 руб.
Доля расходов по найму жилья, которую нужно отнести к деятельности учреждения, облагаемой ЕНВД, равна:
(8850 руб. – 1350 руб. – 5513 руб.) = 1987 руб.
Сумму НДС, которую можно принять к вычету, бухгалтер «Альфы» сможет определить по итогам I квартала.
Расходы по найму жилого помещения подтверждены документально. НДФЛ, взносы на обязательное пенсионное (социальное, медицинское) страхование и взносы на страхование от несчастных случаев и профзаболеваний с суммы компенсации не начисляются.
Автономное учреждение применяет упрощенку
Автономные учреждения на упрощенке, которые платят единый налог с разницы между доходами и расходами, могут включить в состав затрат, уменьшающих налоговую базу, только документально подтвержденные расходы по найму жилья и суммы НДС по этим расходам (подп. 8, 13 п. 1, п. 2 ст. 346.16, п. 1 ст. 252 НК РФ). Командировочные расходы можно списать только после подтверждения факта их оплаты (п. 2 ст. 346.17 НК РФ). Расходы, не подтвержденные первичными документами, налогооблагаемые доходы не уменьшают. Аналогичные разъяснения приведены в письме Минфина России от 28 апреля 2010 г. № 03-03-06/4/51. Несмотря на то что письмо посвящено учету расходов по найму жилья при расчете налога на прибыль, сделанные в нем выводы справедливы и для учета таких расходов в случае применения упрощенки (п. 2 ст. 346.16, п. 1 ст. 252 НК РФ).
Если автономное учреждение на упрощенке платит единый налог с доходов, то расходы по найму жилого помещения налоговую базу не уменьшают. При расчете единого налога такие учреждения вообще не учитывают никакие расходы (п. 1 ст. 346.14, п. 1 ст. 346.18 НК РФ).
Ситуация:  как автономному учреждению учесть при расчете единого налога при упрощенке плату за аренду квартир для проживания командированных сотрудников
Если автономное учреждение арендует частное жилье на постоянной основе, с его владельцем можно заключить долгосрочный договор аренды. Размер арендной платы в договоре можно указать за любой период. Однако при расчете единого налога всю сумму расходов учесть не удастся. Арендную плату за тот период, когда арендованное жилье пустовало, в расходы включить нельзя. Объясняется это тем, что арендная плата за период, когда учреждение не использует квартиру, признается экономически необоснованной (п. 1 ст. 252, п. 2 ст. 346.16 НК РФ).
Обосновать расходы можно лишь за те дни, когда в арендованной квартире проживает командированный сотрудник (подп. 8, 13 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). Для этого автономное учреждение вправе использовать документы, косвенно подтверждающие факт проживания (например, командировочное удостоверение, проездные документы, приказ о командировке и т. д.) (абз. 4 п. 1 ст. 252, п. 2 ст. 346.16 НК РФ). Подробнее о документальном подтверждении расходов на наем жилья см. Как возместить расходы на наем жилья во время командировки.
Аналогичный вывод содержится в письмах Минфина России от 25 марта 2010 г. № 03-03-06/1/178, от 20 июня 2006 г. № 03-03-04/1/533 и от 25 января 2006 г. № 03-03-04/1/58. Несмотря на то что указанные письма адресованы налогоплательщикам, которые применяют общую систему налогообложения, приведенные в них выводы можно распространить и на автономные учреждения на упрощенке (п. 2 ст. 346.16, п. 1 ст. 252 НК РФ).
«Главбух» советует
Есть аргументы, позволяющие учреждению учесть при расчете единого налога расходы по аренде квартиры в другом городе в полной сумме вне зависимости от фактического проживания в ней командированных сотрудников. Они заключаются в следующем.
Расходы по аренде квартиры независимо от факта пребывания в ней сотрудника можно признать экономически обоснованными (п. 1 ст. 252, п. 2 ст. 346.16 НК РФ). Во-первых, в другом городе за один и тот же период времени средняя стоимость аренды квартиры может быть меньше, чем средняя стоимость гостиничного номера. Во-вторых, расходы можно учесть как платежи за арендуемое имущество по подпункту 4 пункта 1 статьи 346.16 Налогового кодекса РФ, а не как расходы на командировки (подп. 13 п. 1 ст. 346.16 НК РФ).
Любое арендованное имущество может использоваться не каждый день. Но это не означает, что арендные платежи можно признавать экономически оправданными только в части, которая относится на дни использования (см., например, постановление ФАС Московского округа от 11 февраля 2009 г. № КА-А40/325-09). Ведь никто, в том числе и контролирующие ведомства, не сомневается, что, например, плату за аренду автомобиля можно включить в расходы полностью, а не в части, приходящейся на дни, когда он используется.
Вместе с тем, если учреждение примет решение учитывать расходы на арендованные для командированных сотрудников квартиры без учета их фактического использования, такую точку зрения ему, вероятнее всего, придется отстаивать в суде. 
Ситуация:  как автономному учреждению учесть при расчете единого налога при упрощенке расходы по найму жилого помещения, если во время командировки сотрудник жил у родственников
Если во время командировки сотрудник жил у родственников и с него брали плату за жилье, автономное учреждение может учесть эти расходы (подп. 8, 13 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). Но только при одном условии: если сумма затрат подтверждена первичным документом (п. 1 ст. 252, п. 2 ст. 346.16 НК РФ). Таким документом, в частности, может быть акт об оказании услуг, составленный в произвольной форме (см., например, постановление ФАС Северо-Западного округа от 26 февраля 2008 г. № А26-1621/2007). В нем должны быть все обязательные реквизиты, предусмотренные пунктом 2 статьи 9 Закона от 21 ноября 1996 г. № 129-ФЗ. Подробнее о документальном подтверждении расходов на наем жилья у частных лиц см. Как возместить расходы на наем жилья во время командировки.
О начислении налогов с компенсации расходов на оплату дополнительных услуг гостиницы см. Как учесть при налогообложении дополнительные командировочные расходы.
Подготовлено на базе материалов БСС «Система Главбух»